Содержание программы направлено на формирование универсальных учебных действий, обеспечивающих развитие познавательных и коммуникативных качеств личности. Обучающиеся включаются в проектную и исследовательскую деятельность, основу которой составляют такие обучающие действия, как умение видеть проблемы, ставить вопросы, классифицировать, наблюдать, проводить эксперимент, делать выводы, объяснять, доказывать, защищать свои идеи, давать определения понятий, структурировать материал итд. Учащиеся включаются в коммуникативную учебную деятельность, где преобладают такие её виды, как умение полно и точно выражать свои мысли, аргументировать свою точку зрения, работать в группе, представлять и сообщать информацию в устной и письменной форме, вступать в диалог итд.
Таким образом, уже на первой ступени обучения учащихся необходимо прививать вкус к исследованию, вооружать их методами научно-исследовательской деятельности.
В процессе реализации программы «Юный исследователь » обучающийся должен научиться самостоятельно, формулировать изучаемую экологическую проблему, выдвигать и обосновывать причины ее возникновения, разрабатывать и проводить эксперимент, делать выводы и предложения. Программа предусматривает не только изучение теоретического курса, но и практические занятия, а также познавательные экскурсии. Практические занятия организуются в соответствии с темой исследования: сбор информации, наблюдения, проведение экскурсий с выходом к объекту исследования. На занятиях учащиеся знакомятся с этапами организации учебно-исследовательской деятельности, технологией поиска информации, и её обработки.